您询问的“个人所得税两个工作工资超5000怎么算”，答案是需要合并计算缴纳个人所得税。

以下分不同情况详细说明：
1. 若两份工资均为境内所得且您为居民个人：需将两个工作的工资薪金所得合并，按纳税年度（公历1月1日至12月31日）计算个人所得税。
2. 若您为非居民个人：从两个工作取得的工资薪金所得，通常按月或者按次分项计算个人所得税，不过实践中若同时从两处以上取得工资薪金，仍需注意税务合规。
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“个人所得税两个工作工资超5000怎么算”这个问题，背后可能存在一些法律风险点，以下举例说明：
1. 未合并申报导致的补缴税款及滞纳金风险：例如，小王在A公司月工资4000元，B公司月工资3000元，两公司均未代扣代缴个税（因单家未超5000），小王也未自行合并申报。年度汇算时，其年总收入为84000元，减除6万元费用后，应纳税所得额为24000元，需缴纳个税。若未申报，税务机关发现后，小王需补缴税款，并从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
2. 税务处罚风险：如果个人故意隐瞒两个工作的工资收入，不进行合并申报和纳税，属于偷税行为。根据《税收征管法》，税务机关将追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。比如小李隐瞒了其中一份工作的收入，经税务机关查处，除补缴税款和滞纳金外，还被处以罚款。
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关于“个人所得税两个工作工资超5000怎么算”，其法律依据主要来自《中华人民共和国个人所得税法》。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条规定：“居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。”工资薪金所得属于综合所得的第一项。因此，当个人从两个工作取得工资薪金且超过5000元时，作为居民个人，应将这两份工资收入合并，在一个纳税年度内，以收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额，再按照相应税率计算缴纳个人所得税。这明确了两个工作工资超5000元需合并计算个税的法律基础。
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在“个人所得税两个工作工资超5000怎么算”的问题中，存在一些特殊情况或例外情形，会对处理方式造成影响：
1. 其中一份收入为劳务报酬所得：如果两份收入中，一份是工资薪金所得，另一份是劳务报酬所得（如兼职收入），则不能简单合并工资薪金计算。根据《个人所得税法》，劳务报酬所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额，并入综合所得计算。这会导致收入额的计算方式与两份都是工资薪金不同，应纳税所得额也会相应变化。
2. 享受专项附加扣除的特殊规定：如前所述，同一专项附加扣除项目在一个纳税年度内只能从一处所得中减除。例如，小张在两家公司都取得工资，他选择在A公司扣除住房贷款利息专项附加扣除，那么在B公司就不能再扣除该项目。若错误地在两家公司同时扣除，会导致应纳税所得额计算错误，需要在汇算清缴时调整。
3. 非居民个人的特殊处理：非居民个人从两处以上取得工资、薪金所得，不是按纳税年度合并计算，而是按月或者按次分项计算个人所得税。这与居民个人的合并计算方式有显著区别，会直接影响个税的计算方法和缴纳时间。

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