针对您“工伤申请工伤认定书还没下来公司只发了基本工资”的问题，我们结合相关法律依据为您分析：
根据《工伤保险条例》第三十三条规定：“职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。”无论工伤认定书是否下来，只要您因工作受伤需要暂停工作接受医疗，就处于停工留薪期，公司应按原工资标准支付，而非仅发基本工资。即使工伤认定尚未完成，公司也不能以此为由降低工资待遇，该规定明确了停工留薪期工资的支付义务，不受工伤认定结果的即时影响。
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针对您“工伤申请工伤认定书还没下来公司只发了基本工资”的问题，以下是可能影响处理的特殊情况：
1. 公司未缴纳工伤保险：若公司未为您缴纳工伤保险，即使工伤认定书下来，公司也需自行承担停工留薪期工资等费用，此时公司可能更倾向于压低工资，处理难度会增加，您需通过劳动仲裁强制公司支付。
2. 停工留薪期未明确：若医疗机构未明确停工留薪期期限，公司可能以“无法确定停工留薪期”为由仅发基本工资，此时您需向劳动能力鉴定委员会申请确认停工留薪期，以明确工资支付期限。
3. 公司已垫付医疗费用：若公司已垫付部分医疗费用，可能会主张用基本工资抵扣，但这不符合法律规定，停工留薪期工资与医疗费用是不同的待遇，不能相互抵扣，该情况会增加协商的复杂性。
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针对您“工伤申请工伤认定书还没下来公司只发了基本工资”的情况，可能存在以下法律风险：
1. 经济损失风险：若公司长期仅发基本工资，您可能面临工资差额的损失。例如，您原工资为每月8000元，公司仅发3000元基本工资，停工留薪期6个月的话，您将损失30000元工资差额。
2. 证据链断裂风险：若未保留医疗证明、工资条等材料，后续申请劳动仲裁时可能因证据不足无法胜诉。例如，您无法证明自己处于停工留薪期，仲裁委可能不支持您的工资差额主张。
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针对您“工伤申请工伤认定书还没下来公司只发了基本工资”的问题，以下是常见的错误操作：
1. 未及时收集医疗证据：部分员工忽视保存诊断证明、病历等材料，导致无法证明停工留薪期的必要性，公司可能以此为由拒绝按原工资支付。
2. 与公司协商时缺乏法律依据：仅口头要求公司涨工资，未引用《工伤保险条例》相关条款，难以说服公司，反而可能被公司以“无法律依据”为由拒绝。
3. 拖延工伤认定申请：未在规定时间内提交工伤认定申请，可能导致工伤认定失败，失去主张停工留薪期工资的基础。
若您已出现上述错误操作，建议尽快弥补，如需了解具体补救措施，可向专业律师咨询。

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